Zastosowanie atomic force microscopy do określenia oddziaływań czynnika transkrypcyjnego IHF z dna cd.

3. WYNIKI

W części doświadczalnej zbadano bezpośrednie oddziaływania białka IHF z DNA. Użyto techniki Mikroskopii Sił Atomowych pozwalającej na bezpośrednie zbadanie interakcji pomiędzy białkiem IHF a cząsteczką DNA [4]. W celu uzyskania danych statystycznie istotnych zbadana 178 cząsteczek – ich długość oraz kąt zgięcia w miejscu wiązania białka do DNA. Wyniki prezentuje rys 5.



Każdy z otrzymanych histogramów został opisany rozkładem Gaussowskim. Otrzymano następujące dane opisujące przedstawione krzywe: długość konturu DNA: CL = 342 ± 26 nm; kąt zgięcia: BA1 = 10 ± 16 0 ; pole pod krzywą = 2397, BA2 = 72 ± 18 0 ; pole pod krzywą = 871 oraz odległość między końcami (histogramy nie prezentowane): EED1 = 133 ± 44 nm ; pole pod krzywą = 1874 EED2 = 261 ± 42 nm; pole pod krzywą = 2518. Wyniki te pozwalają na wyznaczenie ilości specyficznie związanego białka (do swojego miejsca wiążącego): 26,7% oraz ilości DNA ze związanym białkiem – 42,6%. Otrzymany kąt zgięcia jest niższy niż w innych pracach, co może być efektem użycia innego układu pomiarowego bądź zwiększenia sztywności polimeru [5] .

Autor: Grzegorz Paździor

LITERATURA

[1] BINNIG G, QUATE CF, GERBER C. Atomic force microscope. Phys Rev Lett. 56(9):930-933.
[2] DAME RT, WYMAN C, WURM R, WAGNER R, GOOSEN N. Structural basis for H-NS-mediated trapping of RNA polymerase in the open initiation complex at the rrnB P1. J Biol Chem. 2002 277(3):2146-50.
[3] GOOSEN N, VAN DE PUTTE P. The regulation of transcription initiation by integration host factor. Mol Microbiol. 1995 16(1):1-7
[4] DAME RT, WYMAN C, GOOSEN N. Insights into the regulation of transcription by scanning force microscopy. J Microsc. 2003 212(3):244-53.
[5] RIVETTI C, GUTHOLD M, BUSTAMANTE C. Scanning force microscopy of DNA deposited onto mica: equilibration versus kinetic trapping studied by statistical polymer chain analysis. J Mol Biol. 1996 264(5):919-32.