Praca ta prezentuje nowy model opisu wydajności hybrydyzacji specyficznej i niespecyficznej transkryptów mRNA w zależności od ich stężenia pikomolarnego w komórce. Model ten opracowany jest na potrzeby estymacji stężenia pikomolarnego transkryptów w badaniach mikromacierzowych.

Model uzależnia efektywność hybrydyzacji transkryptów mRNA od składu chemicznego sond na mikromacierzy. Współczynniki do modelu estymowane są na podstawie danych kalibrujących po-chodzących z kwadratu łacińskiego dla mikromacierzy U133A firmy Affymetrix.

Prace kończy porównanie jakości predykcji w odniesieniu do innych używanych modeli, w szczególności do modelu Langmuira oraz metody estymacji zaproponowanej przez Doeke Hekstra, Alexandra Taussiga, Marcelo Magnasco and Felixa Naefa w pracy [1].
Autorzy: Karolina Pogrzebska, Przemysław Biecek

Protein interactions with biological membranes are one of the major regulatory mechanisms in live species. Among the membrane-active proteins there is a group of peptides destabilizing the lipid membrane called antimicrobial peptides (AMP’s). Versality and the unique mode of action of AMP‘s makes them one of the most promising candidates for the new class of modern antibiotics.

To characterize the changes in model biological membrane upon antimicrobial peptide addition various biophysical techniques were applied including spectroscopic and calorimetric measurements. Peptide amino acid sequence analysis indicates the possibility of helical secondary structuture formation. Circular dichroism (CD) spectroscopy measurements in far UV enabled observations of the changes in the peptide secondary structure upon its addition to the lipid bilayer. Initially unordered peptide due to the interactions with lipid molecules adopts highly organised structure. Lipid-peptide interactions are accompanied by the changes in lipid bilayer phase transition profiles as shown by the differential scanning calorimetry (DSC). Finally, modern biological 14N and 31P NMR approach enabled the observations of peptide induced membrane changes on the molecular level.
Autorzy: Tomasz Borowik, Per Eugen Kristiansen, Gerhard Gröbner

Zdolność odkształcania erytrocytów (czerwonych krwinek) jest ich fundamentalną cechą, ponieważ umożliwia przechodzenie komórki przez naczynia włosowate układu krążenia, których średnica jest mniejsza od wymiarów krwinki. Przyczyną spadku zdolności (stopnia) odkształcalności erytrocytów jest głównie ich wiek, uszkodzenia mechaniczne oraz czynniki chorobowe. Zakładamy, że fizjologiczny sto¬pień odkształcalności dojrzałych, zdrowych erytrocytów można zachować (np. do transfuzji) wykorzy¬stując terapeutyczne właściwości promieniowania elektromagnetycznego z zakresu NIR (Near Infrared Radiation). W tym celu ko¬nieczne jest skonstruowanie układu pomiarowego umożliwiającego analizę ilo-ściową odkształcalności czerwonych krwinek, poddanych różnym czynnikom modyfikującym. W referacie przedstawiono kilka metod badania elastycznych właściwości błon erytrocytów m.in.: metody mikro-pipetowego zasysania, metody mikrokanalikowych przepływów, metody filtracyjne oraz ich różne mody-fikacje. Istotnym jest, aby ostateczne rozwiązanie konstrukcyjne umożliwiało dynamiczne pomiary od-kształcalności pojedyn¬czych komórek w warunkach jak najbardziej zbliżonych do warunków in vivo (wymiary i kształt mikro¬kanalików, prędkości przepływu, zastosowane materiały).
Autor: Małgorzata Dzik

W pracy przedstawiono oddziaływanie związków metaloorganicznych z błonami biologicznymi, zwracając szczególną uwagę na oddziaływanie związków amfifilowych z błoną biologiczną.

Związki metaloorganiczne powodują zmiany strukturalne w części lipidowej membrany i efektem tych transformacji jest zmiana funkcjonowania membrany. Parametry oddziaływania tych związków z błonami biologicznymi można wyznaczyć dzięki metodom takim jak: powszechnie sto-sowana analiza Scatcharda, metoda Schwarza czy metoda Bobrovnika. Badacze nauk biologicznych najczęściej wybierają metody gdzie jest najmniej operacji arytmetycznych, wówczas procedura wydaje się prostsza do przeprowadzenia. Należy jednak pamiętać, że metody linearyzacji danych różnią się dokładnością , z jaką wyznacza się parametry wiązania, więc duży problem stanowi dopasowanie odpowiedniej metody do danych pomiarowych.
Autor: Barbara Gasińska

Eg5 is a member of BimC kinesin superfamily. It\'s plus end-directed microtubule motor and pushes the centrosomes apart during mitosis. The biochemical cycle, biophysical properties and processivity of this motor aren\'t well known yet. Processive motor can hydrolyze many molecules of ATP before detaching from the filament and non-processive motors interact with filament only once. We can obtain information about processivity from gliding assays with using DIC microscopy. These kinds of experiments were performed and the information about processivity was obtained. In gliding assays methylcellulse - highly elongated polymer was used to bring filament more down close to the surface and the speed of the Eg5 was measured.
Autor: Marta Mazur