Rosnące zainteresowanie mechanizmami reakcji enzymatycznych oraz naturą efektów katalitycznych stwarzają zapotrzebowanie na odpowiednie narzędzia wizualizacyjne. W pierwszej części niniejszej pracy prezentowana jest interaktywna metoda pozwalająca na badanie efektów katalitycznych z wykorzystaniem domowego komputera klasy PC, stworzona w oparciu o metodę Różnicowej Stabilizacji Stanu Przejściowego DTSS [7,8]. Metoda przetestowana została na przykładzie deaminazy cytydylowej (CDA, E.C. 3.5.4.5) [4] i zaimplementowana z wykorzystaniem interfejsu skryptowego VMD [1]. Do opisu własności elektrostatycznych substratu i stanu przejściowego wykorzystane zostały Skumulowane Atomowe Momenty Multipolowe CAMM [2,6,9]. Druga część pracy poświęcona została szczegółowym badaniom mechanizmu i energetyki reakcji przeprowadzanej przez CDA [10]. Niezbędne obliczenia wykonane zostały przy użyciu unikalnej metody hybrydowej ONIOM [5]. Prezentowana procedura w łatwy sposób może być przeniesiona na dowolny problem w układzie enzymatycznym, stając się tym samym skutecznym narzędziem badań.
Autor: Paweł WIELGUS

Białka EcR i Usp należące do rodziny owadzich receptorów jądrowych wchodzą w skład kompleksu ekdysteroidowego, który w odpowiedzi na zmiany stężenia 20-hydroksyekdyzonu moduluję ekspresję genu kodującego sekwencję białka wiążącego hormon juwenilny. Kompleks ów przyłącza się do DNA w miejscu zwanych hsp27. Wiadomo, że pod nieobecność partnera białko EcR może wiązać się do DNA w postaci homodimeru. Ideą przyświęcającą mojej pracy jest wymodelowanie struktury homodimeru z wykorzystaniem homologii do heterodimerycznych kompleksów białek oraz sprawdzenie tego modelu eksperymentalnie z wykorzystaniem techniki obserwacji zmiany ruchliwości elektroforetycznej w żelu.
Autor: Katarzyna KRĘCISZ

W wielu procesach produkcyjnych przemysłu chemicznego występują ścieki o znikomej zawartości substancji zanieczyszczających. Przykładem może być wodny ściek n-butanolu o stężeniu mniejszym niż stężenie nasycenia. W pracy wykonano próbę zastosowania nowoczesnej metody ekstrakcyjnej „cloud point” do usuwania n-butanolu z roztworów wodnych. W ekstrakcji tego typu wykorzystuje się specyficzne właściwości związków powierzchniowo czynnych, w tym ich zdolność do solubilizacji, oraz zjawisko zmętnienia roztworów związków powierzchniowo czynnych. Jako związek powierzchniowo czynny zastosowano Triton X-114, o temperaturze punktu zmętnienia wynoszącej około 11ºC dla krytycznego stężenia micelarnego (CMC) równego 0,03 % mas. [3]. W wyniku eksperymentów wykonanych w temperaturze 40 ºC otrzymano średni współczynnik podziału n-butanolu równy 0,093.
Autorzy: Edyta ŁYCZAK, Wojciech SKRZYPIŃSKI